W każdym razie w Medynie Mahomet objął funkcję sędziego. Większość miejscowych zdawała się ufać jego werdyktom jako osobie z zewnątrz (jest to dość powszechne w świecie islamskim – na przykład Talibowie w Afganistanie zdobywali popularność jako komiwojażerscy sędziowie obiektywnie rozsądzający spory miejscowych). Prorok nauczał, ćwiczył muzułmanów, ale starał się też wypracować pewien modus vivendi z klanami, które odrzucały jego rewelacje. Dotyczyło to głównie trzech klanów żydowskich Arabów.

Mieli oni sojusznicze zobowiązania wobec Kurajszytów z Mekki i nie byli zbyt serdecznie nastawieni do Mahometa. A ten się starał, jak mógł. Właściwie wszystkie najbardziej prożydowskie wersety Koranu pochodzą ze wczesnych dni w Medynie. Według niektórych, praktykował mudarat – otumanianie, co może być teologicznie usprawiedliwione (np. 19:25-26, 21:51-66). Według innych, dawał żydom szansę na konwersję.

Wydaje się, że to właśnie żydowscy mieszkańcy Medyny najbardziej kwestionowali prorocze posłanie Mahometa. Byli twardymi monoteistami o wytyczonych regułach. Byli też najlepiej obeznani ze Starym Testamentem i prawem żydowskim. Bezlitośnie wyśmiewali posłańca Allaha i kwestionowali jego misję. Niektórzy komponowali kuplety antymahometańskie. Przez pewien czas prorok starał się zachowywać pojednawczo wobec szyderców. Dyskutował z nimi.

Podkreślał, że Allah jest wspólnym bogiem, a muzułmanie i żydzi są właściwie równi. Aby to podkreślić, nakazywał, aby wspólne modlitwy miały miejsce przy skierowaniu się wiernych w stronę Jerozolimy. W tajemnicy jednak po pewnym czasie autoryzował agresję przeciw szydercom. Mahomet znalazł pomocników, muzułmańskich konwertytów, którzy czuli resentyment w stosunku do dominujących gospodarczo w Medynie żydów.

Przemoc eskalowała, doszło do zabójstw. Na początku pozbywano się przeciwników skrytobójczo. Potem bardziej otwarcie. Na przykład wiekowy Abu Afaq został w czasie snu przebity mieczem. A żydówka Asuant bint Aruan zginęła za obelgi w stosunku do Mahometa z rąk swego świeżo konwertowanego na islam konkubenta, co pochwalił sam prorok. W najbardziej chyba szokującym wypadku 80-letnią żydówkę Fatimę bint Rumiya rozerwano wielbłądami za wyrecytowanie krytycznego wiersza o posłańcu Allaha. Już wtedy Mahomet czuł się silny.

Ofiar w Medynie było początkowo kilkanaście. Potem ich liczba wzrosła, gdy muzułmanie zaczęli praktykować dżihad otwarcie. Zresztą ginęli nie tylko żydzi, ale również i poganie. Jednak w stosunku do miejscowych klanów żydowskich, które go najpierw wyszydzały, a potem zdradziły proroka, spiskując i atakując go wraz z Mekkańczykami (2:100), zastosował środki narastająco drastyczne. Dwa klany (Banu Kuainukua i Banu Nadir) przepędził, a trzeci (Banu Kuraiza) zniszczył. Mężczyzn eksterminował, a kobiety i dzieci sprzedał w niewolę. Naturalnie dopiero gdy mahometanie bezsprzecznie dominowali w Medynie.

Nota bene stało się to standardowym modus operandi wobec ludności najpierw poddającej się muzułmanom, a potem buntującej się przeciw jarzmu islamu. Ludność chroniona, czyli żydowska i chrześcijańska (potem dołączono do tego zoroastrian), była Ludem Księgi, czyli dhimmi (po turecku zimmi). Zgodnie z Koranem, miała być podbita i poniżana, miała służyć muzułmanom. Bunt oznaczał złamanie kontraktu, czyli koniec protekcji.