Kim zyskiwał bezcenny czas do umocnienia swojej pozycji. Walka z frakcją yennańską nie była łatwa pomimo poparcia Sowietów. W odróżnieniu od różnego rodzaju grup czy frakcji komunistów z Europy Wschodniej, którzy nie mając poparcia Stalina byli skazani na upadek, frakcja yennańska cieszyła się poparciem KPCh i przeto nie można było ich zlikwidować zwykłymi metodami praktykowanymi przez Sowietów. Przyjęto metodę stopniowego usuwania ich ze stanowisk, wykorzystując atmosferę zastraszania i pozycji Kima jednoznacznie utożsamianego w partii ze Związkiem Sowieckim i ze Stalinem.

W 1948 r. Kim Ir Sen był już na tyle silny, że jego protektorzy zdecydowali się na ostateczną rozgrywkę. Przeprowadzono czystkę w partii, a następnie (1949) doprowadzono do połączenia obu partii komunistycznych: tej z północy i tej z południa. Uciekający z południa Pak Honjong został wiceprzewodniczącym a Kim Ir Sen przewodniczącym partii.

Drugim wiceprzewodniczącym został szef frakcji komunistów sowieckich Aleksiej Iwanowicz Hegaj. Imię i otczestwo mówią samo za siebie. Dotychczasowym formalny lider Kim Tubong został zaledwie jednym z dziewięciu członków Biura Politycznego. Od tego czasu Kim Ir Sen kontrolujący armię, służbę bezpieczeństwa i milicję stał się niekwestionowanym liderem partii komunistycznej, ale mimo to w partii ciągle mieli wpływy ludzie z obcych mu frakcji.

Bycie pierwszym na Północy nie zaspokajało ambicji Kima. Jego marzeniem była pełnia władzy nad całą Koreą. Zaplanowana przez niego wojna miała zarówno być wentylem bezpieczeństwa w koszmarnej sytuacji gospodarczej będącej efektem wprowadzenia „reform”, jak i próbą wykorzystania niestabilnej sytuacji na Południu. Liczono też, że USA nie włączy się do konfliktu. Mimo nie zbyt chętnego stanowiska Stalina (początkowo odradzał wojnę) oraz Mao Zedonga (proponował zaczekać do zakończenia wojny domowej w Chinach), Kim Ir Sen od wiosny 1949 r parł do wojny. Ostatecznie uzyskawszy zgodę obu przywódców światowego komunizmu, uderzył na południe w czerwcu 1950 r.

Jak wiadomo, wojna w pierwszym okresie przyniosła natychmiastowy sukces armii komunistycznej. Po dwóch dniach zajęto Seul, stolicę utworzonej w 1948 r. Korei Południowej, a potem w błyskawicznym tempie zajęto niemal całe to państwo. Ten oszałamiający sukces nie był dziełem przypadku. Mimo że na południu mieszkało dwa razy więcej ludności to kimowskie państwo, utworzona także w 1948 r, Koreańska Republika Ludowo-Demokratyczna było o wiele lepiej przygotowane do wojny. Przewaga armii komunistycznej nad armią południową wynosiła (różne źródła podają dane, nierzadko różniące się między sobą). [9]

liczebność żołnierzy 2 : 1
broń ręczna automatyczna 7 : 1
karabiny maszynowe 13 : 1
czołgi 6,5: 1
samoloty 6 : 1

Jak wiadomo, ta wojna nie przyniosła militarnego rozstrzygnięcia. Amerykanie włączyli się do wojny i pognali armię komunistyczną z powrotem na północ, zajęli niemal całą KRLD, aż do granicy z Chinami. Od zagłady uratowali Kima Chińczycy, których kilkusettysięczny korpus wkroczył do Korei. Ostatecznie w wyniku ofensywy chińskiej przywrócono przedwojenny graniczny status quo pomiędzy oboma państwami koreańskimi.

Klęski wojenne nie rozbiły pozycji Kima, tak jak zagłada całych armii sowieckich w 1941 r nie powaliła Stalina. Zbyt mocno kontrolował struktury siłowe, a poza tym ciągle miał poparcie Stalina i Mao Zedonga. Natomiast dała mu pretekst od pozbycia się istniejących ciągle w partii i w armii rzeczywistych i domniemanych przeciwników, na których mógł zwalić winę za klęski wojenne.